Organizmy szkodliwe powinny być monitorowane przy pomocą odpowiednich narzędzi. Obserwacje można wykonać „gołym okiem”, przy pomocy lupy, binokularu, do powiększania można wykorzystać także smartfony. Przydatne są czerpaki entomologiczne i różnego typu pułapki. Do monitoringu służą kolorowe tablice lepowe: żółte (na mączliki, mszyce, zmieniki, miniarki), niebieskie (na wciornastki, ziemiórki), białe (na kistnika, zmienika lucernowieca), czarne (Tuta absoluta).

Na dużą skalę w uprawach warzyw, stanowi połączenie pułapek barwnych z zapachowymi. Wykorzystuje się tu barwne tablice lepowe, pułapki trójkątne lub kubełkowe w połączeniu z feromonami. Feromony są to związki chemiczne wydzielane przez dany organizm, służące do wywoływania określonej reakcji lub zachowania u osobników tego samego gatunku. Najczęściej stosowane są feromony płciowe zwabiają samce. Jedną z najważniejszych zalet pułapek feromonowych jest ich neutralność w stosunku do otaczającego środowiska oraz brak wpływu na organizmy należące do innych gatunków. 

Do monitoringu szkodników aktywnych w nocy polecane są pułapki świetlne (odławiają samice i samce).

Lustrację na obecność szkodników glebowych należy wykonać z pomocą łopatki i sita do przesiewania gleby. W przypadku wątpliwości warto zlecić badanie profesjonalnemu laboratorium.