Preparaty biologiczne, w odróżnieniu od chemicznych środków ochrony roślin, nie zwalczają całkowicie populacji organizmów szkodliwych, tylko w dłuższym okresie czasu je ograniczają. Należy stosować je zgodnie zapobiegawczo. Na skuteczność biopreparatów ma wpływ wiele czynników, np. temperatura, wilgotność, nasłonecznienie. W związku z tym należy aplikować je zgodnie z zaleceniami zawartymi na etykiecie produktu.
Do walki z agrofagami (sprawce chorób, szkodniki) wykorzystywane są biopreparaty zawierające pożyteczne mikroorganizmy, takie jak wirusy, bakterie i grzyby. Mikroorganizmy są bezpieczne dla człowieka, wrogów naturalnych agrofagów, owadów zapylających, wzmacniają bioróżnorodność. Biopreparaty nie wymagają okresu karencji i prewencji oraz nie pozostawiają szkodliwych pozostałości. Pozwalają zredukować ilość stosowanych środków ochrony roślin.
Pożyteczne makroorganizmy takie jak nicienie, pożyteczne owady (roztocza, pluskwiaki, błonkówki, sieciarki, biedronki) wykorzystywane są do zwalczania szkodników.
