Preparaty biologiczne, w odróżnieniu od chemicznych środków ochrony roślin, nie zwalczają całkowicie populacji organizmów szkodliwych, tylko ograniczają je w dłuższym okresie czasu. Środki tego typu należy stosować zapobiegawczo. Na skuteczność biopreparatów ma wpływ wiele czynników, np. temperatura, wilgotność, nasłonecznienie. W związku z tym należy aplikować je zgodnie z zaleceniami zawartymi na etykiecie produktu.

Do walki z agrofagami (sprawce chorób, szkodniki) wykorzystywane są biopreparaty zawierające pożyteczne mikroorganizmy, takie jak wirusy, bakteriegrzyby. Mikroorganizmy są bezpieczne dla człowieka, wrogów naturalnych agrofagów, owadów zapylających, wzmacniają bioróżnorodność. Biopreparaty nie wymagają okresu karencji i prewencji oraz nie pozostawiają szkodliwych pozostałości. Pozwalają zredukować ilość stosowanych środków ochrony roślin.

Pożyteczne makroorganizmy takie jak nicienie, pożyteczne owady (roztocza, pluskwiaki, błonkówki, sieciarki, biedronki) wykorzystywane są do zwalczania szkodników.